Tras dos supuestos positivos por nandrolona en los controles realizados al término de los partidos Piacenza-Brescia (el 21 de octubre de 2001) y Lazio-Brescia (el 4 de noviembre de ese mismo año), Guardiola fue condenado a cuatro meses de inhabilitación, más una multa de 50.000 euros, por el Comité de Disciplina de la Liga Profesional.
Sin embargo, el español fue exonerado por la justicia ordinaria italiana en octubre de 2007 y presentó una instancia de revisión de la sentencia emitida por la justicia deportiva.
Dicha instancia fue aceptada por la Corte de Justicia Federal de la Federación Italiana de Fútbol (FIGC) el pasado 8 de mayo. No obstante, el Fiscal Antidopaje del CONI, Ettore Torri, hizo pública, el pasado 31 de julio, su decisión de pedir la reapertura del caso, al considerar “inaceptables” los motivos que determinaron la absolución del jugador y entrenador.
