La Bahía, pese a lo que muchos pudieran pensar, cuenta con un rico ecosistema y en ella encontramos poblaciones de delfín común
La acuicultura es una actividad que se define de muchas maneras, según la Unión Europea consiste en la cría o cultivo de organismos acuáticos con técnicas encaminadas a aumentar, por encima de las capacidades naturales del medio, la producción de los organismos en cuestión. En los últimos 50 años la acuicultura mundial ha crecido espectacularmente, pasando de una producción de menos de un millón de toneladas anuales a comienzos de la década de 1950, a registrar una producción de 51,7 millones de toneladas en el año 2006. La acuicultura española representa en torno al 25% del total de la producción de los países de la UE. En particular, la maricultura con jaulas flotantes también es una actividad que ha visto un crecimiento en el Mar Mediterráneo en la última década de manera sorprendente.
Tanto el delfín común (Delphinus delphis) como el delfín mular (Tursiops truncatus) son especies apropiadas para verse influenciadas por la acuicultura debido a su distribución cosmopolita, así como por estar presentes en aguas costeras ya sean tropicales como templadas. Hoy en día, el delfín mular, es una especie que se encuentra bien involucrada en la mayoría de los casos de las interacciones con la pesca costera, aunque las poblaciones sean cada vez más dispersas y fragmentadas en pequeñas unidades en la cuenca mediterránea. Un ejemplo cercano a nosotros es uno de los estudios que lleva la Asociación de Naturalistas del Sur-Este (ANSE) relacionado con la interacción de delfines y acuicultura en las costas del sureste de España.
En la Bahía de Algeciras, actualmente existen viveros (long-lines) destinados al cultivo de moluscos, principalmente mejillón (Mytilus galloprovincialis). Hasta el año 2009 también se tenía constancia de la presencia de jaulas flotantes situadas en la Ensenada de Getares en la cota batimétrica de 30 metros, en las que se podía cultivar trucha asalmonada (Onchorhynchus mykiss). Sin olvidar las 43 jaulas de cultivo intensivo de preengorde y engorde tanto de lubina (Dicentrarchus labrax) como de dorada (Sparus aurata) que colgaban en aguas de la misma Bahía.
El centro de investigación de CIRCE lleva años estudiando los delfines comunes.
Se ha podido observar que los delfines comunes se alimentan en la bahía de un número de presas diversas, tales como peces voladores, anchoas, sardinas, etc. Algunas veces los delfines merodean alrededor de las jaulas de engorde de lubina y dorada, posiblemente alimentándose de los peces que se suelen asociar a las redes, oportunistas de los piensos sobrantes que se cuelan entre las redes.
Además CIRCE también estudia la población de delfín mular residente en aguas del Estrecho de Gibraltar. Algunos individuos de esta población los podemos encontrar nadando alrededor de las bateas de long-lines del cultivo del mejillón anteriormente comentada. Cabe la posibilidad que esta asociación sea con el objetivo de cazar los peces que se asocian a estas infraestructuras o por simple curiosidad.
En otros lugares del mundo este tipo de cultivos han repercutido en el comportamiento y distribución de algunas poblaciones de delfines mulares. Si la acuicultura en la Bahía de Algeciras modifica el comportamiento y distribución de algunas especies de delfines se verá en el futuro.
El notable aumento de la acuicultura costera conlleva a un mayor conocimiento de los posibles efectos medioambientales que ésta pueda provocar. Debido a que esta actividad puede provocar cambios en el medio ambiente, causando un enriquecimiento en la materia orgánica del medio, atrayendo numerosas especies de peces y con ello a sus depredadores.